-Pembelajaran tidak tersusun dan ia bergantung pada kemahiran guru itu.
-Mata pelajaran seperti Tauhid,Fiqah,Hadis,Nahu,Saraf,doa-doa kaitan dengan kehidupan seharian
-Didedahkan kaedah menulis  dan menguasai kaedah jawi dan bahasa arab.
-Aktiviti : Berqasidah,berzanji dan bernasyid turut diadakan.
-Kelas agama akan dijalankan selepas waktu solat dalam bentuk halaqah dan bebas memilih kelas mengikut tahap penguasaan ilmu dan tiada had umur.


SISTEM MADRASAH

-Pendidikan lebih bersistematik
-Penghafalan selama 3 tahun.Setelah habis syahadah pelajar akan berpindah kelas kepada pengajian alim selama 8 tahun.
-Dalam tempoh 8 tahun,pelajar-pelajar akan menguasai peringkat asas agama sehinggalah dapat menguasai 4 mazhab dan mempelajari sunnan sittah secara bersanad sehingga kepada Rasulullah SAW
-Kelas bermula dari jam 5.00 pagi hingga 11.00 malam
-Aktiviti:
           -Imtihan;Dua kali setahun,sekiranya gagal akan mengulangi selama setahun
           -Perbahasan agama dari aspek Masail,para ustaz akan menilai setiap dalam nas yang dihujahkan
           -Tarbiyah rohani melalui perjalanan dakwah
           -Tasawuf: Penggunaan Kitab hadisth dan Riyadus Solihin

Tempoh Pengajian selama 8 tahun
       
              1) Tahun 1 hingga tahun 4:
                       -Pemantapan Bahasa Arab: Nahu,Sorof,Tauhid,Hadisth 40,Matan Jurumiah,terjemahan juzuk amma,Mantik,Tafsir Jalalain,Usul Fiqh,Mustollah Hadisth,Balaghah

              2) Tahun 5 hingga tahun 8
                      -Faraid,Usul Tafsir,usul hadisth,ulum quraan,Akidah,Misyakut Masobih,Mahalli,Tafsir Baidawi dan belajar hadisth & Fiqh 4 Mazhab
                      -Sunan sittah: Bukhari,Muslim,Nasaie,Abu Daud,Tirmidzi & Ibnu Majah



PERBANDINGAN ANTARA SISTEM PENDIDIKAN PONDOK DENGAN KONVENSIONAL

-Sistem pembelajaran pondok lebih mementingkan ukhrawi (akhirat) manakala sistem pembelajaran konvensional mementingkan pendidikan akademik dan pendidikan agama. Selain itu, pembelajaran di pondok mempunyai wktu yang meluas dan tidak terhad pelajaran yang meluas dan tidak terhad dalam erti kata lain pelajar di pondok perlu menghabiskan pengajian mengikut waktu yang ditetapkan oleh tok guru pondok. Bagi sistem pembelajaan vokasional waktu pembelajaran terhad mengikut jadual masa bermula dari jam 7 pagi dan berakhir pada jam 2 petang pada setiap hari persekolahan. Seterusnya, sistem pondok tidak mempunyai sistem pelarasan seperti sistem vokasional. Tok guru menetapkan silibus dalam pengajian di pondok dan mereka belajar dari kulit ke kulit manakala sistem pendidikan vokasional mempunyai pelarasan dan silibus pendidikan di sekolah bedasarkan buku teks yang telah disediakan oleh kerajaan. Penagasa bagi sistem pondok adalah par alim ulama'manakala sistem pendidikan vokasional diasaskan oleh kerajaandan jabatan agam bagi setiap negeri. Bagi teknik pengajaran sekolah pondok berbentuk muzakarah,halaqah dan syarahan manakala bagi sekolah vokasional berbentuk syarahan yang diketuai oleh guru dan mempunyai sesi soal jawb iaitu hubungan dua hala.Sistem peperiksaan tiada di sekolah pondok yang ada hanyalah tok guru akan menyemak hafalan para pelajar dan di sekolah vokasional mempunyai sistem pepriksaan.


KELEBIHAN SISTEM PONDOK.

1.mementingkn penuntutan ilmu secara bersanad
2.Pmbelajaran dari awal ingga akhir kitab
3.Pengajran bersifat penghafalan.
4.Memberi latihan khutbah dalam bahasa Arab.
5.Melahirkan pelajar yg berilmu pengetahuan dalam agama.



PERANAN ULAMA' DALAM SISTEM PONDOK

1. Melahirkan ulama' yang akhirnya menjadi ulama' yang hebat.
2. Menyebar ilmu agama dengan penoh amanah.
3. Mengajar dan memimpin ummat.
4. Menjadi bahan rujukan.
5. Mengarang serta menulis kitab untuk dibuat rujukan.